Trung tâm Nghiên cứu Nhật Bản (1993-2004)
- Giám đốc: GS. TS. Dương Phú Hiệp
- Phó Giám đốc: TS. Nguyễn Duy Dũng (1993-1998)
- Phó Giám đốc: TS. Ngô Xuân Bình (1998-2004)
- Phó Giám đốc: TS. Vũ Văn Hà (2000-2004)
Viện Nghiên cứu Đông Bắc Á (2004-2009)
- Viện trưởng: PGS. TS. Ngô Xuân Bình
- Phó Viện trưởng: TS. Trần Quang Minh
- Phó Viện trưởng: TS. Hồ Việt Hạnh
Viện Nghiên cứu Đông Bắc Á (2009-2011)
- Viện trưởng: GS.TS. Nguyễn Xuân Thắng
- Phó Viện trưởng: TS. Trần Quang Minh
- Phó Viện trưởng: TS. Đặng Xuân Thanh
Viện Nghiên cứu Đông Bắc Á (2011-2017)
- Viện trưởng: TS. Trần Quang Minh
- Phó Viện trưởng: TS. Đặng Xuân Thanh (2010-2013)
- Phó Viện trưởng: PGS. TS. Phạm Hồng Thái (2014-2019)
- Phó Viện trưởng: PGS. TS. Phạm Quý Long (2014-2019)
Từ ngày 1/11/2017-4/12/2018:
- Phó Viện trưởng phụ trách: PGS. TS. Phạm Hồng Thái (2017-2019)
- Phó Viện trưởng: PGS. TS. Phạm Quý Long (2014-2019)
Từ ngày 5/12/2018 đến 30/9/2019:
- Quyền Viện trưởng: PGS. TS. Phạm Hồng Thái (2018-2019)
- Phó Viện trưởng: PGS. TS. Phạm Quý Long (2014-2019)
Từ ngày 1/10/2019:
- Phó Viện trưởng phụ trách: PGS.TS. Phạm Quý Long (2019-2021)
- Phó Viện trưởng: PGS.TS. Nguyễn Duy Lợi (2019-2024)
Từ ngày 15/6 đến 15/8/2021:
Phó Viện trưởng phụ trách: PGS.TS. Phạm Quý Long (2019-2021)
Từ ngày 15/8/2021 đến 30/06/2022
- Quyền Viện trưởng: PGS.TS. Phạm Quý Long
- Phó Viện trưởng: TS. Trần Hoàng Long
Từ ngày 01/7/2022
- Phó Viện trưởng điều hành: TS. Trần Hoàng Long
